Компания была основана в 1998 году тремя молодыми Linux-энтузиастами: Жаком Ле Моруа (Jacques Le Marois), Гаэлем Дювалем (Ga?l Duval) и Фредериком Бастоком (Frederic Bastok). Главной целью компании было внедрение GNU/Linux в массы, максимальное его удобство для неподготовленных пользователей.

В 2000—2002 году компания совершила несколько стратегических ошибок, которые чуть не привели к банкротству фирмы, однако на данный момент времени дела компании снова вошли в нормальное русло.

24 февраля 2005 компания Mandrakesoft купила бразильского Linux-вендора Conectiva и сменила название на Mandriva. Одна из причин смены названия — затянувшееся судебное разбирательство с корпорацией Hearst Corporation, являющейся владельцем прав на популярного персонажа комиксов Mandrake the Magician. 15 июня 2005 Mandriva поглощает ещё одного дистрибьютора Linux — на этот раз американскую компанию Lycoris.

А 15 марта 2005 года произошло событие, повлёкшее за собой крупный скандал в Linux-сообществе — Гаэль Дюваль, сооснователь компании и координатор сообщества, был уволен совместно с ещё 18-ю сотрудниками, и даже был лишён своего пожизненного членства в «Клубе Mandriva». Позиция компании обосновывалась тем, что «команда Дюваля стала в последнее время неприбыльной».

28 мая 2007 года Mandriva официально вышла на Российский рынок, открыв «Центр разработок Mandriva» в Санкт-Петербурге, а также запустив сайт www.mandriva.ru. На конференции «Информационная безопасность: региональные аспекты», завершившейся в Сочи 15 сентября 2007 года, Федеральная служба по техническому и экспортному контролю (ФСТЭК) объявила о сертификации открытой операционной системы Mandriva Linux для безопасной работы с конфиденциальной информацией.